La secretaría es el centro neurálgico de la Hermandad, pues no en balde la mayoría de las funciones  pasan por sus manos. En la Hermandad, la secretaría se encarga de redactar las actas de los Cabildo Generales y Juntas de Gobierno, así como extender y firmar las convocatorias y citaciones a la Junta de Gobierno y Cabildos Generales por orden del Hermano Mayor.

También debe preparar la documentación necesaria para el desarrollo del Orden del Día de los Cabildos Generales y de las sesiones de la Junta de Gobierno y redactar la memoria anual de Secretaria, que necesariamente expondrá en el Cabildo General del último martes del mes de enero, dando cuenta de todos los actos, tanto religiosos como culturales, llevados a cabo por la Hermandad en el ejercicio anterior.

Otras de sus funciones son extender y firmar con el Hermano Mayor las comunicaciones que dimanan de los acuerdos adoptados y llevar el control de altas y bajas de los Hermanos Esclavos.

Corresponde custodiar el Archivo Histórico de la Hermandad, teniéndolo debidamente ordenado y conservarlo en condiciones precisas para su perfecto estado y confeccionar un inventario de los documentos de la Hermandad, custo­diándolo con el mismo celo que estos.